Repentinamente la limosine entera, desde las llantas al sistema eléctrico de rastreo y guía, fallan y el auto se impacta. Un miembro de la colonia Phalanx, Una raza alienígena tecno-orgánica dedicada a conquistar la Tierra, los ataca. La coronel Becker Monet empuja a Monet del coche y le dice que correa, mientras ella procura rechazar la entidad Phalanx. Sin embargo el Phalanx la mata a ella y recupera a Monet, que se sentó junto al coche en su estado comatoso en vez de correr. El Phalanx es incapaz de ejecutar un "escaneo" en Monet debido a un nivel intenso de interferencia psionica. El Phalanx regresa a su base, llevando a Monet consigo.

     Mientras tanto, en la Escuela de Xavier para Jóvenes Dotados, Sean Cassidy, AKA Banshee, ha vuelto de sus vacaciones para encontrar que "las cosas han cambiado." Emma Frost, la White Queen del Hellfire Club, es un huésped "no dispuesto" en la Mansión mientras está convaleciente del trauma de perder a sus estudiantes (los Hellions) en la batalla. Sean trata de convencer a Ororo de que quizás otra persona deba hacer las pruebas en Emma.

     Ororo lo dice que no se preocupe tanto, y Sean se siente un poco fuera, Eso es hasta que él encuentra que varios X-Men no actúan como sí mismos. De hecho, Sean los encuentra haciendo cosas que ellos normalmente nunca harían, Como desarmar la habitación de comunicaciones y hacer ajustes a Cerebro. Sean se da cuenta finalmente que la mansión ha sido invadida por el Phalanx, que asumió las formas de los Hombres X. Banshee libera a Victor Creed (SabreTooth) y salvan a White Queen y a Jubilation Lee del Phalanx. Pero mientras estaban luchando, Banshee se da cuenta que la Próxima Generación de Mutantes ha sido enfocada para la asimilación o la terminación por el Phalanx. Estos mutantes jóvenes son:

   En X-Men 36, Encontramos a los Phalanx examinando a Monet. En cambio, ella los estudia también, aprendizaje que el Phalanx piensa utilizar para asimilar mutantes como ella misma en su colonia. La escena cambia a San Louis, donde encontramos a Everett Thomas y a el Departamento de la Policía de Louis de pie. Ellos reclaman a Everett por haber roto varias ventanas varios metros a la redonda, cuando de pronto son atacados por los Phalanx.

     Mientras eso sucede Jubille y White Queen son atacadas por más Phalanx.

     La escena cambia otra vez, a un anochecer callado en la granja de Guthrie en Kentucky. Sin embargo la calma nocturna se quebranta cuando los Phalanx atacan a Paige Guthrie y a su familia. Paige es capturada y es llevada lejos por el Phalanx, y su familia se queda preguntandose si los Hombres X serán capaz de salvarla.

     De regreso en San. Louis. Jubilee y Emma son salvadas del Phalanx por Sabretooth, Banshee y Everett, pero aún como un grupo, los Phalanx son mas numerosos . Emma vincula la mente de Everett con la de Jubilee y le muestra como sincronizarse con Jubilee y usar sus poderes para volar a los Phalanx. Los Phalanx no se destruyen, sin embargo, ellos se reforman sólo para revelar que durante esta pelea ellos capturaron a Paige Guthrie. Se muestra también que Sara Grey, la hermana perdida de Jean Grey, lleva mucho tiempo asimilada en su colonia, y por si fuera poco Sabretooth ha escapado.

     Lo siguiente es es el escape de la tecno-prisión, con la ayuda de Monet, pero al salir se dan cuenta de que están en un barco abandonado,plagado de phanalnx; mientras tanto, el grupo de Banshee logran ubicarlos y llegan a tiempo para salvarlos de una muerte segura, en el climax de la batalla se aparece Sabretooth quien también pelea contra los Phalanx.

     Pero a pesar de los ataques continuos y variados de los X-Men, Sabretooth es lastimado, Clarice se da cuenta que ellos no pueden derrotar ni pueden escapar para siempre de la amenaza del Phalanx y toma la decisión de desplazar una sección del casco del barco, dejando caer a sus amigos en la bahía, después ataca a Harvest, pero debido a su inexperiencia ella misma queda atrapada dentro de su propio poder, el resto del equipo sobrevive incluyendo a Banshee y Sabretooth, aunque al costo de la vida de su joven amiga.

     Mientras tanto en Francia, en el antiguo cuartel de los Acolites, se reunen todos los equipos X, para planear el ataque en contra de los Phalanx, pero el recién renacido Douglock, algo así como una mezcla de Douglas Ramsey Ex-New Mutant fallecido y Warlock aliénigena, secuestra a Forge, Cannnonball y a Rhane, levándolos a la base central de los Phalanx, donde estos planean enviar una señal al espacio para que inicie la invasión Phalanx.

     Después varios ataques combinados y varias reuniones, entre ellas el equipo formado por Cyclops, Phoenix ( Recién llegados del futuro, después de criar a su hijo y derrotar a Apocalypse), Cable (quien ignora la situación por la que acaban de pasar sus padres) y Wolverine, quién regresa con sus amigos después de perder su adamantium y darse cuenta de que aún sin el metal es valioso para los X-Men.

     Al termino, una gran destrucción provocada por Forge, elimina todo rastro de los Phalanx de la tierra. y con esto termina la saga Phalanx Covenant.